十年前，几乎毁灭世界的大灾难中，卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣所救，成为其养子。十年后，士郎为履行与已故的养父之间的约定成为正义的伙伴，而每日不停的进行魔术锻炼。偶然的一天，士郎被卷入了称为圣杯战争的魔术师之间的对决。规则是一位魔术师与一位英灵结成契约。所谓圣杯战争，胜利者可以获得圣杯来实现任何愿望。于是，七位魔术师与七位英灵一起加入了这个为了创造奇迹的厮杀之中。卫宫士郎深知，十年前的那场大灾难就是圣杯战争引起的，为了避免悲剧再次发生，他与自己的英灵Sabar一起，投身于这充满危险与艰辛的圣杯战争之中。