百子成功挺过地表入侵、山地基因危机、阿里情报危机、天幕辐射危机五年后，天空人和小奥赫达带领的地表人重返地面。在重建家园的过程中，发现美国国防在战前建立的潜艇智能基地，由于备用电源的终止，已经浮出水面。经过探索，发现基地没有幸存者。维修完供电设备后，天门进入了潜艇基地的控制系统。原来这是冷战时期发展起来的太空战基地。之所以在海底修复是为了安全保密。潜艇基地可以访问仍在运行的军事卫星。偶然发现美国已经秘密接触了宇宙的神族文明。神族文明的外交舰队百年前就开始了，现在已经进入银河系边缘。神族文明发现地球文明已经不存在了。与此同时，阿里在空间站上的后备系统误判了神族文明的目的，希望他们能帮助人类重建家园。然而，神族文明已经开始了殖民地球的计划。外交舰队的使命是摧毁地球仅存的文明，建立新秩序。这一季的重头戏将是天空人和地表人将如何利用地球的倒退文明打败宇宙神族。按照基本剧情，神族文明也是一种与人类外形相似的碳基生物，其武器也是基于量子力学开发的，但比人类的科技胜利更先进。神族文明和地球文明互相发现后，认为地球文明的科技是爆炸性的，到达地球后可能无法保持领先技术。但是，由于对未知世界的好奇，他们派出了两艘星际飞船和一个1w神族士兵的外交舰队。