漫画《五龙源传奇》第二季延续了功夫喜剧的特点，讲述了四位师徒在寻宝救世的冒险中体会到自信和快乐才是真正的力量，展现了东方的智慧和勇敢的精神。故事主要讲述了神奇的“小丑”出现在江湖后，四位师徒在寻找小丑的四个部位后，为了找到最后一个小丑，五龙源师徒登上极乐岛。在极乐岛，他们遇到了失踪多年的艾菲的父亲艾迪森。在他的帮助下，他们从岛上的猴子中找到了第一个小丑。经过多次波折，大家在窑王庄找到了奄奄一息的艾菲来救他，合适的小丑终于完全拼接。两个分开了几千年的小丑在这里重逢，四位师徒在看到任务圆满完成后启程返回乌龙源。没想到，为了提炼小丑的力量，老沙人把左右小丑都带走了。在提炼原力的过程中，发生了意外，原力的80\%被长子沙克基收购。莎士比亚试图完成小丑力，按照祖传秘法抓到了极度阳光的人——五龙元师弟，却没想到小丑力意外转移到了师弟身上。五龙源大师发现小丑之事并未平息，担心小丑强大的力量落入坏人之手，于是再次展开调查。通过线索，他们始终找到了庞贵仁的密室，找到了摇家炼丹师莎士比亚的画像，被带进了一个秘密通道。原来秘密通道通往横网地宫。在地宫里，大家都遇到了来找麒麟胆的大师兄，可是麒麟胆活着的时候，却从大师兄那里吸走了小丑力。原来一切都死在几千年前Shake设立的一个局里。他带着小丑的力量来复兴自己，试图统治世界。所有人都败给了复活的摇一，摇一用小丑之力和炼金术控制着附身的仆从碾压民众，建造了大量真人般的魔法俑，天下江湖危在旦夕。为了阻止他邪恶的阴谋，所有人都聚集在拉康，打算派铁金刚二代与魔军抗衡。大战前，拉康意外起火，铁金刚被烧坏。然而就在这个时候，消息传来，魔俑大军即将开炮完毕。千钧一发之际，师兄决定率队前往石头城摧毁魔窑，双方大战在即。