《黑客帝国动画版》由9部基于黑客帝国系列电影世界观的短片组成，每部都有不同的角度和风格，制作团队汇聚了日本、美国和韩国的动画精英。机器复兴讲述了MATRIX的历史。机器人不能被人类虐待，最后反抗，把人类变成能量。《青春故事》讲的是一个少年突然接到网络电话，大批黑人男子开始围捕他。《虚拟节目》展示了虚拟训练节目中一男一女的片段。《世界纪录》描述了一名短跑运动员在接近突破人类极限时，最终被系统牢牢控制。《超越极限》讲述了由于系统错误，安静区块出现了一个不寻常的区域。《神探故事》描述了一个侦探被一步步引导着试图摆脱体制的束缚。《黑客帝国》讲述了一个机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战斗》记录了一艘宇宙飞船的毁灭。