在风景秀丽、气候宜人的望关市，神奇宝贝足球篮球世界杯即将举行。到时候，大量的观众和训练者会涌向这里，整个城市会陷入一片欢乐的海洋。肖智(松本梨香配音)和他的一行人正在去望关的路上。在他们的旅途中，他们遇到了神秘的神奇宝贝索·罗亚，它不仅可以变成人类的姿态，还可以通过心灵感应与人类交流。肖智和索一起走上前去。我不知道皇冠城发生了神奇宝贝暴乱。雷公、炎帝、水军本是城池的守护神，却莫名其妙的攻击市民，城池一片混乱。这一切的始作俑者是一位名叫克林克斯的企业家(阵内孝则配音)，他也是索·罗亚要找的伙伴。